Del impacto hídrico de estos cultivos han alertado diversos estudios, como el del catedrático de la Universidad Politécnica de Cataluña Emilio Custodio, quien cifró en 18 metros la bajada del nivel del acuífero 27 por las extracciones para regadíos.
La proliferación de pozos y cultivos ilegales ha favorecido episodios como que una finca de Hato Ratón, al norte de Doñana, haya recibido la mayor multa conocida de un Consejo de Ministros por riego ilegal: dos millones de euros, incluyendo la reparación de daños, que fue ratificada por el Tribunal Supremo en abril de 2009.
Los propietarios de la explotación "El Avispero", del municipio de Bonares (Huelva), fueron condenados en 2010 a casi cinco años de prisión y a una indemnización de 560.000 euros por haber roturado ilegalmente una finca de 50 hectáreas, y agentes de la Junta de Andalucía han sido procesados por connivencia con estas actuaciones.
La organización conservacionista WWF, que ha censado casi dos mil pozos ilegales en el entorno de Doñana, así como numerosas balsas para riego, calcula que existen unas 3.000 hectáreas de cultivos ilegales en zonas de máxima protección ambiental.
La fiscalía de Medio Ambiente ha ordenado al Seprona de la Guardia Civil que determine el número de pozos ilegales y sus circunstancias legales y ambientales, actuación criticada por dirigentes políticos.
Finalmente, la Consejería andaluza de Obras Públicas aprobó en febrero de 2011 el documento inicial de este Plan Especial, que tuvo que rectificar meses después por diversos errores y que aún se encuentra en fase de respuesta a las alegaciones presentadas.
Este Plan fija los criterios para ordenar los cultivos ilegales de Doñana -que los agricultores prefieren calificar de alegales- estimados en casi 9.000 hectáreas y cuya dotación de riego sumaría unos 36 hectómetros cúbicos al año.
El documento advierte de la existencia de un déficit hídrico de casi un hectómetro cúbico por año que se debería de compensar con trasvases desde la cuenca del Guadiana a la del Guadalquivir.
La devolución de las competencias de esta cuenca al Gobierno central, después de que el Tribunal Constitucional anulase su transferencia a la Junta de Andalucía, ha encendido en los últimos meses una batalla política en la que ambas administraciones se acusan de paralizar este trasvase, cuya inversión ronda los 17 millones de euros.
A esta inversión habría que sumar los casi 30 millones de euros previstos para financiar el Plan Especial de Doñana, que además de ordenar los regadíos ilegales también fija un programa de actuaciones para garantizar la sostenibilidad de dicho ámbito.
Entre ellas destaca la inversión de 20 millones de euros para ordenar la red de carreteras de la zona, muchas de las cuales carecen de garantías mínimas de seguridad, y para preservar 160 kilómetros de corredores ecológicos, que ocuparían 150 hectáreas de suelos regables y que requerirían de la construcción de pasos de fauna y otras actuaciones viarias.